طراحی اپلیکیشن با اینکه PWA فراگیر گردیده اما هنوز در اولِ رویه جای دارد جهت استعمال از آن معضل‌هایی موجود هست که در اینجا به یکسری گزینه آن اشاره کردیم و در تعدادی سال آینده حل خواهند شد :
پشتیبانی مرورگرهاو دستگاه ها : با اینکه مرورگررهایی نظیر کروم، اپرا و نیز مرورگر خاص تلفن همراه های اندرویدی از PWA پشتیبانی میکنند البته هنوز مرورگرهای دیرین مانند وب اکسپلورر، Edge و سافاری اپل تماماً با این فناوری مطابقت نشده‌اند.
محدودیت قابل انعطاف افزاری و طاقت فرسا افزاری: برای به کار گیری از PWA، دستگاه شما بایستی از حیث قابل انعطاف افزاری و طاقت فرسا افزاری بدون شک از HTML5 پشتیبانی نماید.
عدم پشتیبانی از ارتباطات متقابل یکسری برنامه: برنامه های ساکن یا این که native گوشی با یکدیگر هماهنگ و سازگارند و به راحتی میتوانند با یکدیگر رابطه داشته باشند. برای مثال شما میتوانند از روش اکانت جیمیل وارد اکانت کاربری توئیتر یا این که فیسبوک خویش گردید. این در حالیست که PWA کار کشته به ساخت چنین ارتباطاتی دربین نرم افزار‌های مبنی بر اینترنت وجود ندارد.